Voici une hypothèse, mais elle ne règle pas la question de l'effacement des fichiers:
Une simple attaque par Dos-flood. Regardez dans vos logs si quelqu'un n'aurait pas fait un scan de ports le 2 septembre. Une fois qu'on connaît le port sur lequel tourne Apache, suffit juste de lui envoyer plein de requêtes jusqu'à ce qu'il ne puisse plus les traiter (attaque par flood). C'est facilement faisable avec le logiciel PentBox. Quant à l'effacement des fichiers, je sais pas...
À mon avis le fait de publier les sources n'ont pas aidées. Peut-être qu'il y avait une faille ou un quelconque moyen pour détourner le système. Si on connaît les engrenages d'un système, ça devient facile de contourner ses barrières.
C'est peut être un faille chez un utilisateur. Peut-être que quelqu'un n'aurait pas sécurisé des formulaires, ou bien une injection par SQL, faille XSS, qui sait.
Simon, peux-tu regarder si tout les CMS que LegTux offre n'auraient pas publié une mise à jour dernièrement (portant sur une correction d'une faille ou quelque chose du genre...).
Je te conseille de demander des avis (sur la sécurité entre autres) ici -->
http://forums.hackerzvoice.net/ . Là bas tu peux trouver des experts en sécurité et en hacking, ça va sûrement t'aider. Il y a aussi des articles sur des attaques...
Je crois qu'il faudrait passer un message aux utilisateurs: il faut bien sécuriser son site! C'est peut-être par là qu'est entré ledit pirate. Ajouté des htmlspecialchars() à vos variables POST! Protégez vos entrés SQL! etc. Sinon faut-il remettre en question la publication de ton code?
EDIT: À mon avis tu ne devrais pas publier la partie du code qui montre comment se connecter aux bases de données, comment faire les manipulations, etc. Ça peut en dire (trop) long.